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El 12 de febrero de 1985 Gregorio Álvarez entregó el gobierno de la República al Presidente de la Suprema Corte de Justicia, Rafael Addiego, quien a su vez el 1o de marzo lo cedería al Presidente electo en noviembre del año anterior, Julio María Sanguinetti. Ascendido a General en febrero de 1971, Álvarez ocupó diversos cargos de responsabilidad militar y política durante la dictadura. En 1974 le fue adjudicada la comandancia de la División del Ejército No 4, al año siguiente presidió la Comisión de Asuntos Políticos de las Fuerzas Armadas, y en 1978 fue designado Comandante en Jefe del Ejército. Luego de pasar a retiro en febrero de 1979, en 1981 el Consejo de la Nación lo designó Presidente de la República.
El 17 de diciembre de 2007 el juez Luis Charles procesó con prisión a Gregorio Álvarez como “coautor de reiterados delitos de desaparición forzada”, por el caso del traslado al Uruguay en 1978 de una veintena de presos políticos desde la Argentina, aún desaparecidos.