Inmediatamente después del golpe de Estado Wilson Ferreira inició un largo exilio que transcurrió en Argentina, Perú y Londres, desempeñando un importante papel en la coordinación de las fuerzas opositoras a la dictadura en el exterior. Entre otras intervenciones, su exposición en junio de 1976 ante el Subcomité de Organizaciones Internacionales de la Cámara de Representantes estadounidense resultó clave para lograr la decisión del Congreso de ese país de suspender la asistencia y el entrenamiento militar así como la venta de armas al gobierno de Uruguay.
Radicado en Buenos Aires desde el 22 de abril de 1984, el 16 de junio regresó a Uruguay, donde fue inmediatamente detenido y encarcelado en el cuartel de Trinidad (Departamento de Flores).
Fue liberado el 30 de noviembre de 1984, cinco días después de las elecciones nacionales. Recién llegado de Trinidad, en la Explanada Municipal dio un discurso en el que se comprometió a contribuir a la “gobernabilidad del país”.