Cuenca Río Negro
La naciente del río Negro se encuentra en la Sierra de Santa Tecla en Brasil. Su cuenca ocupa la zona central del país y adquiere la condición de ser la más extensa del territorio nacional.
Especial importancia tiene para esta cuenca el río Tacuarembó, que oficia como corredor para la instalación del bosque ribereño, con especies subtropicales. A ambos lados del río Negro se identifican diferentes situaciones en cuanto a especies florales, aun cuando desde la perspectiva ecológica comparten los mismos requisitos ambientales. Especies de gran tamaño como el laurel negro y el llamado Francisco Álvarez se hacen presentes en sus costas. Pero a diferencia de los bosques del sur, los del norte tienen tres estratos de vegetación: el herbáceo –en el que predominan los helechos–, uno intermedio con especies sciófilas que crecen a la sombra y el dosel con árboles de gran porte. 
Importa considerar en esta cuenca las islas que se forman en el propio río Negro. En la mayoría de los casos surgen por arrastre de sedimentos, asociados a juncos, sarandíes y ceibos. Las del Vizcaíno y Lobos –próximas a la desembocadura en el río Uruguay– son las islas más grandes de esta corriente hídrica.
El río Negro cuenta con el mayor número de represas del país; tres de ellas son Rincón del Bonete, Baygorria y Palmar. Estas intervenciones del hombre generaron, además de un importante beneficio directo para el desarrollo productivo y social, grandes cambios en el ecosistema.
Distintas especies de la fauna se vinculan como el corredor biológico generado por el bosque ribereño del sistema. La mitad de los registros excepcionales del puma y del coatí coincide con los extremos occidentales y orientales del río Negro, confirmando su condición de corredor. Los variados tamaños de las especies de la cuenca se verifica en casos como la rata de hocico ferruginoso y el ratón de monte, en relación con el llamado aguará guazú, que constituye el zorro de mayor dimensión del mundo. Entre las aves a considerar se encuentran: el pato criollo, la garza azul, el gavilán bicolor y el de patas largas, el águila pampa, la rarísima lechucita canela y cuatro especies de loros (el cabeza azul, el maracaná o barranquero, el chiripepe y la cotorra). En esta cuenca, en la que existen registros de todos los grupos y géneros de anfibios propios de Uruguay, habitan treinta de las cuarenta y seis especies de ranas y sapos locales. Entre los peces que ingresan al río Negro se destacan dorados, sábalos, surubíes, dentudos y mojarras.
Por su tamaño, esta cuenca involucra numerosas construcciones de interés cultural. Sin embargo, se trata de bienes relativamente aislados en el territorio. Excepciones a esto son los poblados como Santo Domingo Soriano, las
pinturas rupestres de Chamangá y el patrimonio industrial de Minas de Cuñapirú. Importantes cascos de establecimientos rurales se reconocen entre sus ámbitos rurales, cuyos ejemplos elocuentes son el Castillo Mauá –cercano a la ciudad de Mercedes– y la estancia San Pedro de Timote en Cerro Colorado, departamento de Florida.